大多数患者做完肾穿刺后会出现轻微腰痛或不适，通常一星期左右就能好转。若伴有肾周围血肿患者出现剧烈腰痛，还需接受麻醉性止痛药止痛。
不少患者做完肾穿刺后会出现不同程度的腹痛，呈现压痛和反跳痛。因为生活习惯发生改变，再加上腹带受到压迫，常常因为大量喝水而腹胀，此时无需做特殊处理，严重时需在医生指导下选择药物治疗。
肾穿刺时若出现肾撕裂或穿刺到大中血管，特别是穿刺到动脉时易导致肾周血肿，其主要症状是腹痛和腰痛，严重时血压和红细胞压积下降。因此肾穿刺后24小时内应卧床休息，不可做任何活动，若发现肾周围血肿还需延长卧床时间。
感染是肾穿刺后最常见的问题，也是非常凶险的。发热是其主要症状，一旦发热应及时去医院做检查和治疗。
